Introdução

O objetivo deste projeto é fornecer maneiras de calcular os atratores de Redes Reguladoras de Genes descritas através de equações booleanas utilizando GPU NVIDIA para acelerar a simulação do comportamento da rede.

Redes Reguladoras

As redes utilizadas como teste, suas equações e referências podem ser encontradas no repositório redes_reg_genes(submódulo deste repositório).

Dependências

Para geração de código CUDA e visualização de atratores é utilizada a linguagem Python com os seguintes módulos:

• pandas
• numpy
• py2cytoscape
• pyvis
• networkx
• dimcli

Para compilação e execução das simulação é necessário ter um ambiente com alguma GPU NVIDIA disponível e o CUDA Toolkit instalado.

Colab

É possível executar as simulações de rede e visualização de atratores via Google Colab, sem necessidade de possuir uma GPU NVIDIA localmente.

Utilização / TroubleShooting

Caso você tenha acesso a um ambiente com GPU NVIDIA (seja localmente ou em ambientes como a AWS) as instruções para gerar o código CUDA necessário e executar as simulações se encontram aqui.